Tuy nhiên, ngay sau khi Đường Hy Tông trở về Trường An, đã xảy ra tranh chấp nghiêm trọng giữa Điền Lệnh Tư và Hà Trung[chú 10] tiết độ sứ Vương Trọng Vinh. Cuộc tranh chấp này bắt nguồn từ tình trạng ngân khố kiệt quệ của triều đình khi đó, triều đình không thể trả đủ lương cho các quân sĩ mà Điền Lệnh Tư đã tuyển mộ, trong đó bao gồm Thần Sách quân và đội tư binh của Điền. Điền Lệnh Tư đã cố gắng giải quyết một phần vấn đề bằng cách lệnh cho Vương Trọng Vinh giao lại quyền kiểm soát các ao muối tại Hộ Quốc cho triều đình. Vương Trọng Vinh từ chối và tuyên bố công khai chống lại Điền Lệnh Tư, Điền Lệnh Tư trả đũa bắt cách thỉnh Đường Hy Tông chuyển Vương Trọng Vinh đến Thiên Bình quân. Vương Trọng Vinh lại từ chối việc luân chuyển và liên kết với Lý Khắc Dụng nhằm chuẩn bị cho một cuộc đối đầu với quân triều đình của Điền Lệnh Tư và các tiết độ sứ là đồng minh của Điền. Khoảng tết năm 886, Vương Trọng Vinh và Lý Khắc Dụng đánh bại Điền cùng các đồng minh và tiến về Trường An, Điền Lệnh Tư đưa Đường Hy Tông chạy đến Hưng Nguyên[chú 11].[11]

Chu Mai và Lý Xương Phù sau đó quay sang chống Đường Hy Tông và tôn Lý Uân làm hoàng đế tại Trường An, thoạt đầu các tiết độ sứ khác có vẻ sẵn sàng công nhận Lý Uân. Đối mặt với tình thế này, Điền Lệnh Tư đã từ chức chỉ huy Thần Sách quân và chạy đến Tây Xuyên với Trần Kính Tuyên. Thay thế Điền Lệnh Tư là Dương Phục Cung. Dương Phục Cung dùng quan hệ vốn có với Vương Trọng Vinh và Lý Khắc Dụng để thuyết phục họ lại công nhận và ủng hộ Đường Hy Tông. Sau đó, thuộc hạ của Chu Mai là Vương Hành Du đã ám sát chủ tướng và buộc Lý Uân phải chạy trốn đến Hộ Quốc và bị giết.[11] Sau đó, bộ tướng của Đường Hy Tông là Lý Mậu Trinh đã đánh bại Lý Xương Phù và đoạt lấy Phượng Tường, Đường Hy Tông trở về Trường An vào mùa xuân năm 888.[12]

Một tháng sau khi trở về Trường An, Đường Hy Tông bệnh mất. Dương Phục Cung ủng hộ hoàng đệ của ông là Thọ vương Lý Diệp làm hoàng đế mới, tức Đường Chiêu Tông.[12] Ông được táng ở Tĩnh lăng, nay thuộc huyện Càn, tỉnh Thiểm Tây.